Grandia 2 commence banalement par une lutte du bien contre le mal. Dans la cosmogonie locale, Granas, la lumière, a vaincu et repoussé Valmar, les ténèbres. Ainsi, le monde a pu vivre dans la paix pendant de nombreuses années. Comme résumé plus haut, le jeu débute sur une périlleuse mission mettant en scène le héros Ryudo, un Geohound autrement dit une mercenaire, et son fidèle compagnon Skye, un oiseaux qui n'a pas sa langue dans sa poche. Ils vont accepter une mission de garde du corps pour l'église de Granas qui consiste à protéger une jeune prêtresse, Elena de son doux nom, appelée à mener une cérémonie douteuse dans une tour qui n'inspire pas confiance. Rien ne va se passer comme prévu, la cérémonie tournera mal, l'intégralité des prêtresses présentes décèdera sauf Elena qui se verra dotée d'ailes noires similaires à celles arborées par... Valmar! N'écoutant que son courage et la montagne d'or qui l'attend, Ryo va conduire la rescapée du drame jusqu'à l'autel du Pop Zera, le grand chef de l'ordre religieux de Granas. Sur leur chemin, ils vont croiser des personnages divers et charismatiques ; certains deviendront des compagnons de route. On pense notamment à Mareg, un imposant guerrier (qui avait un look totalement différent durant la phase conceptuelle du jeu, voire esquisses), à Tio et son visage d'ange (qui s'appelait Control Panel Tio ou Ana à ses débuts), à Roan le garçon aux mille secrets, de quoi nous attacher au héros de Grandia 2. Le scénario recèle de surprises, surtout durant les dernières heures ou les révélations seront explosives !